Continuand primul sezon, Zoku Natsume Yuukinchou urmareste poveste lui Natsume, un baiat care poate vedea fantome inca din copilarie. Din nefericire, oamenii il alunga, si nu are legaturi prea bune nici cu fantomele. Intr-o zi, acesta mosteneste Yūjin-Chō ("Cartea de Prieteni") de la bunica lui. Cartea este de fapt plina de contracte pe care bunica sa lea fact pentru a prinde fantome. In timp ce fantomele apar una dupa alta, Natsume incearca sa le elibereze sau sa le ajute - chiar daca multe dintre ele cauta sa se razbune pe el.
